省创新实验室作为独立法人实体，实行理事会领导下的主任负责制，实行目标导向、绩效管理、协同攻关、开放共享的新型管理运行机制，在组织框架、岗位设置、人员聘任、薪资待遇、职称评定、研究方向、知识产权归属、经费使用等方面享有自主权。

　　在管理体制上，省创新实验室主要管理架构包括理事会、学术咨询委员会和实验室主任。理事会是省创新实验室的管理组织，实行任期制。理事会原则上由省创新实验室所在设区市政府领导、相关管理部门和参建单位负责人等组成。理事会主要职责是：研究制订省创新实验室章程及其他相关管理制度，负责审议省创新实验室的发展战略、机构设置、实验室主任聘任、经费预决算，监督实验室年度工作计划的执行情况，定期召开理事会。

　　学术咨询委员会是省创新实验室的学术指导机构，由国内外知名学科或技术专家组成。主要负责指导和把握省创新实验室研究方向、重点发展领域、重大研究任务与目标等学术问题，开展学术工作评估，定期召开学术咨询委员会等。

　　实验室主任在理事会领导和学术咨询委员会指导下，具体组织开展科研任务、联合攻关及实验室其他日常管理工作。省创新实验室主任一年一述职，三年一评价,评价不合格者不予续聘。