项目组基于几十年的疟疾防控实践经验，从流行病学、病原及媒介生物学、分子生物学技术以及社会经济学等方面入手，开展了一系列的策略技术研究并应用于实践，主要技术创新和贡献如下：

　　1. 实施疟区分类指导，因时因地制宜，采取分区分级的综合性防治策略。在以嗜人按蚊和微小按蚊为主要媒介的地区采取灭蚊为主的综合防控措施； 中华按蚊为主要媒介的地区则以控制传染源为主，辅以媒介防制；2001年进入疟疾消除阶段，防治重点转为输入性疟疾监测，根据输入性病例分布和媒介情况，设置多个监测点，开展病例监测和媒介监测，对原嗜人按蚊、微小按蚊分布区开展调查/复查工作，并及时提出并调整疟疾监测方案和监测指标。通过实践和试点形成了一套分类指导、精准高效、切实可行的 "福建经验"并得到全国同行的认可推广。

　　2. 率先系统开展疟原虫基因检测，并将研发的技术应用于疟疾病例分子流行病学追踪调查。随着本地感染的有效遏制，输入病例所占比例逐渐增高，传统的形态学检测无法判断病例的感染来源。2002年起项目组先后对间日疟原虫常见分子标志MSP-1, MSP-3 a，CSP, AMA-1以及恶性疟原虫AMA-1进行系统基因研究和实践应用研发。设计开发了稳定可靠、操作简便的疟原虫等位基因套式PCR检测技术，在全国得到推广应用；建立的疟原虫基因数据库的研究思路，能够更科学分析判断病例感染来源，目前仍然是全国疟原虫基因研究领域主要的参照依据。

　　3. 系统开展疟疾消除后监测体系研究。引入风险管理理论，应用数学模型，在全国率先开展输入性疟疾再传播风险评估，实施科学分级精准防控。 根据疟疾病例输入情况、历史流行情况、媒介种类和数量、人口经济、医疗卫生服务水平等指标构建疟疾消除地区重新流行风险指标体系，并制定针对不同风险等级的防治措施，实现科学、客观、精确的防控目标。 在全国尚在开展消除疟疾行动计划的时候，项目组就开始探讨消除后监测体系，将疟疾消除分为不同阶段，运用卫生经济学理论与方法，对消除不同阶段进行成本－效果和增量成本－效果分析，探索建立最优化的消除后监测体系，确保福建省消除疟疾成果，也为全国消除后监测方案的设计提供重要的参考。