一、业务科室

    1、海岛与海岸带研究中心、地质水文研究室 

    中心由海洋地质地貌研究室、海洋水文气象研究室、福建海洋研究所测量队、海峡海洋工程勘察中心等组建而成。以台湾海峡及福建省沿海为研究区域，主要从事海洋地质地貌、物理海洋、海洋测绘、海岸带综合管理技术与政策、海洋功能区划、海域使用论证、海域价值评估、海岛规划和海岛使用论证、海岛使用金评估、海洋管理信息系统等科学研究和应用。
    该研究室现有在职人员13人，其中：研究员1人、副研究员(高工)5人、助理研究员5人、研究实习员（硕士）1人、工勤人员1人。
    地质室主任:罗美雪  联系电话：6010677     
    2、海洋化学研究室 
    从事台湾海峡及邻近海域的化学海洋学、海洋生态及海洋初级生产力研究、综合调查；福建沿海、河口港湾海洋环境监测与污染综合治理技术研究；海水养殖及病害防治技术的开发。承担国家及省市海洋管理部门的海洋环境监测与环境保护技术研究。
    该研究室现有在职人员14人，其中：研究员1人、副研究员3人、助理研究员6人、研究实习员4人（其中硕士2人）。
    海化室主任：陈岚    
    3、海洋生物研究室  
    海洋生物研究室以台湾海峡及临近海域海洋生物学、分类学、生态学研究为特色，进行区域性海洋生态环境（主要包括浮游生物、底栖生物和渔业资源）评估和调查研究；从事海洋生物繁育和养殖技术研究与开发；以藻种保育中心为基础，开展微藻生化组成和活性物质研究。
    该研究室现有在职人员8人，其中：研究员1人、副研究员1人、助理研究员3人、研究实习员（博士、硕士）2人。
    生物室副主任：张跃平     联系电话：5612788
    4、台湾海峡及毗邻海域海上调查与数据中心
    台湾海峡及毗邻海域海上调查与数据中心是以福建省科学技术厅“福建省海上环境调查监测公共技术服务平台”项目建设为基础，整合我所“延平2号”海上科考调查平台、无人机空中数据采集平台和陆基海洋环境分析实验室等立体海洋调查平台资源，以海洋调查公共技术服务和海洋数据共享应用体系建设为基础业务，为国家自然科学基金项目共享航次、国家海洋调查船队及海洋志愿观测船计划等提供技术服务和数据共享应用支持的科研业务部门。近年来中心承担完成了“福建省海域使用综合管理信息系统建设”、“福建908专项海岸带调查”等一系列海洋信息化建设、海域使用论证、海洋测绘相关项目，为社会提供的海洋专业技术支持。
    该中心现有在职人员3人，其中：研究员1人、高级工程师1人、研究实习员（硕士）1人。
    数据中心副主任：郑承忠、洪建胜    联系电话：6017533
    5、国际交流培训中心
    2005年开始承办中国商务部对外援助培训项目（海洋科学技术与管理类），面向全球滨海发展中国家，开展海洋领域管理研讨/研修、技术培训与交流活动，工作语言包括英语、葡萄牙语、阿拉伯语和法语。国际交流培训中心负责福建海洋研究所与其他国家、地区有关部门、科研单位开展双边或多边的海洋交流、科技合作等工作，是福建海洋研究所开展国际技术交流、培训、合作的窗口与平台。
    中心在(兼）职人员6人，主任1人、副主任1人，副研究员2人、助理研究员1人、研究实习员1人、助理翻译1人。
    培训中心主任:陈栩   联系电话：5751918

    6、“延平2号”海洋科学考察船  
    “延平2号”海洋科学考察船是全国唯一的省级地方管理的海洋综合调查船。船上设有海洋物理、地质、化学、浮游生物、底栖生物、微生物等专业实验室7间80多平方米，并配备有卫星定位、3000米测深仪和深水绞车、走航式水动力剖面仪ADCP等海洋水文地质调查采样设备。能乘载海洋科考人员32人，在中国沿海全海域进行各种海洋科学调查活动。“延平2号”已成为国内台湾海峡和南海海洋调查与科研的重要平台，影响日益扩大。
    延平二号科学考察船船长：刘志华
    
二、行政科室
    1、科研管理科
    负责全所科研项目管理、档案和图书资料管理以及实验室认证管理等工作。
    科长：张影
    联系电话：0592-5617388 
    2、财务科
    负责全所财会资金和资产管理。
    科长：彭日财 
    联系电话：0592-5616758
    3、行政后勤部门（办公室、人事科、党委办公室）
    负责全所行政、人事工资、船舶车辆、器材采购、房屋设施维护、离退休人员等管理工作。
    办公室主任：陈子辉  联系电话: 0592-6010622 
    人事科科长：马志杰 联系电话：0592-6013987
    党委办公室主任：陈子辉  联系电话：0592-6010622